La estructura de las comunidades de vegetación acuática es compleja y diversificada, en función de la gran variedad de ambientes y microhábitats que existen en el litoral así como por le hecho de incluir especies de zonas de media y alta montaña (en Aldasoro, de Hoyos y Vega, 1991); aunque su ocupación espacial esta limitada por la disponibilidad escasa de suelos en zonas someras, como resultado de la topografía muy vertical de las orillas. Gran parte del litoral con suelos muy inclinados y pedregosos carece casi por completo de vegetación sumergida. Entre las comunidades acuáticas más ligadas a localizaciones de inundación permanente podemos encontrar praderas de helofitos dominadas por la presencia de varias especies de equisetos (Equisetum fluviatile y E. arvensis) con cárices, y otras completamente sumergidas (los limnofitos) pero arraigadas en el fondo del lago y que únicamente desarrollan al aire las flores como los milenrama (Myriophylum alterniflorum). En localizaciones muy precisas además encontramos pequeñas formaciones de plantas con una estrategia mixta (los anfifitos), ya que la mayor parte de la planta está sumergida pero presenta muchas de las hojas y tallos flotando en la superficie, es el caso de las espigas de agua (Potamogeton natans).
Se listan únicamente algunos taxones que se consideran interesantes.